首次申办2000版往来港澳通行证，领取有两种方式：一种是通过邮政特快专递寄给申请人；一种是到原受理部门领取。由申请人在申请表上选择领证方式。持有效2000版往来港澳通行证再次申请签注的，除上述方式外，还可以委托有出境旅游经营权的旅游公司代领。

近期，为缓解办证潮，请申请人原则上选择速递方式领证。速递办证时限可比到受理部门领证缩短5天。